בעיני טיפול מכל סוג, הוא כניסה "לקודש הקודשים" ובוודאי בטיפול זוגי. המערכת הזוגית פגיעה ומופיעה לפתחינו המטפלים  בשעת משבר. ולכן חשוב מחד להעז להפוך "סמוי לגלוי" לגעת במורכבויות ומאידך, לשמור ולתת את הכבוד הראוי לשני בני הזוג ולמערכת כפי שהיא.
כדי שתוכל להתקיים עבודה בחדר הטיפולים יש לייצר תחושת בטחון, וחופש לעבוד עם שני בני הזוג. להיות נאמן למערכת ולא לפרטים שבה. זו אומנות מורכבת, המטפל נדרש לעבודה עצמית ולהדרכה מתמדת על מנת להחזיק ולעבוד עם התכנים שעולים בחדר הטיפולים.
מיומנויות הטיפול הזוגי דורשות ראיה מערכתית, התבוננות מעמיקה, והבנה מה פועל/מפעיל ויוצר את דינמיקת היחסים כפי שהיא. על המטפל להיות מצוייד במיומנויות רבות, בסקרנות, להצליח לעשות מקום לכל אחד מבני הזוג, להבין את המורכבות,  וכיצד היא פועלת ויוצרת מצוקה אצל בני הזוג מבלי לתפוס צד. מי בעיקר סובל ממנה, מה יקרה כשהבעיה תפתר?  את מי היא משרתת ולכן יוסיף להחזיק אותה, באופן מודע ושלא במודע.
וכן לעשות מקום לעצמו להצטרף למשפחה אך גם להיות מובחן ממנה וליצור התערבויות משמעותיות בחדר הטיפולים.  עליו להיות מודע לעצמו ולאופן בו הוא משפיע/מושפע מהטיפול.

מטפל שאינו מוסמך והתמחה בטיפול זוגי עלול לגרום לנזק יותר מתועלת.
המשברים הנפוצים: תחושת תקיעות בקשר, בגידה של אחד מבני הזוג, תקשורת עויינת לאורך זמן, סגנונות הורות שונים, הזנחה, שחיקה התרחקות ועוד.